Malahayati memiliki nama Keumalahayati. Ayahnya adalah Laksamana Mahmud Syah yang masih keturunan Sultan Ibrahum Al Mughayat Syah (1513-1530). Sultan Ibrahim dikenal sebagai pendiri Kesultanan Aceh Darussalam.
Garis hidup sebagai panglima perang sudah terlihat sejak Malahayati kecil. Tak seperti lazimnya gadis kecil, dia dikenal tidak suka bersolek. Latihan ketangkasan lebih dipilih Malahayati. Bakat sebagai panglima menurun dari ayahnya yang juga seorang laksamana angkatan laut Kesultanan Aceh.
Keluarga pun tak terlalu mempermasalahkan pilihan hidup Malahayati di jalur militer. Lulus dari Pesantren Meunasah, Rangkang, dan Dayah, Malahayati belajar militer di sekolah kerajaan Akademi Militer Mahad Baitul Maqdis. Beberapa pengajarnya merupakan perwira-perwira asal Turki. Di sekolah yang disebut mahad tersebut, Malahayati lulus sebagai salah satu yang terbaik.
Malahayati juga bertemu jodohnya di sekolah kerajaan Baitul Maqdis. Suaminya, Mahmuddin Bin Said Al Latief, di kemudian hari menjadi Panglima Armada Selat Malaka. Namun, Mahmuddin tewas saat bertempur melawan Portugis di Teluk Haru, perairan Maluku.
Malahayati pun ditunjuk menjadi Komandan Istana Darud-Dunia menggantikan suaminya. Tugasnya adalah Kepala Pengawal merangkap Panglima Protokol Istana. Dia bakal memeriksa tamu asing yang ingin menghadap Sultan Saidil Mukammil Alauddin. Lewat izin Malahayati, tamu baru boleh bertemu Sultan.
Sultan Alauddin punya alasan tersendiri untuk menunjuk Malahayati. “Beliau (Malahayati) adalah wanita tangguh. Beliau sangat dipercaya oleh sultan,” kata Sejarawan Aceh, Dr Husaini Ibrahim.