Jenis nyeri kepala ini mencakup semua rasa nyeri yang berasal dari gangguan medis lain termasuk infeksi di kepala atau leher. Dengan deskripsi semacam itu, rasa nyeri yang masuk dalam klasifikasi ini penyebabnya sangat luas.
Rasa nyeri itu bisa jadi berasal dari kondisi gigi yang berlubang dan mengalami infeksi. Rasa nyeri juga bisa datang dari saluran sinus yang terinfeksi. Bahkan, bisa jadi rasa nyeri di kepala itu datang dari kondisi yang membahayakan nyawa, seperti tekanan darah tinggi, pendarahan di otak atau infeksi di otak seperti meningitis. Rasa nyeri traumatik yang diderita oleh seseorang yang mengalami gegar otak juga termasuk dalam kategori nyeri sekunder.
Klasifikasi nyeri di kepala sekunder juga mencakup gangguan yang muncul karena penyalahgunaan obat. Kondisi hangover setelah mengonsumsi alkohol yang berlebihan pun masuk ke kriteria ini.